1980年12月，国家林业部、司法部、公安部和最高人民检察院联合发出《关于在重点林区建立林业公安、检察、法院组织机构的通知》。1981年1月28日，黑龙江省编委、司法厅、公安厅、财政厅、法院、检察院、林业总局联合发文《关于全省森工系统组建司法机构核定编制的通知》(黑编<81>226号)文件，正式批准组建林区检法机构。1982年9月28日，黑龙江省人大第17次常务会议做出《关于在林区、农垦区建立人民法院、人民检察院的决定》。黑龙江省森工林区两级审判机关于1982年底开始组建，1983年9月1日正式对外办公。在牡丹江、松花江、合江林管局设林区中级人民法院。

2001年12月15日，黑龙江省九届人大第26次常委会决定，撤销牡丹江、松花江和合江三个林区的中级法院，设立黑龙江省林区中级人民法院。2009年10月，全面完成林区两级法院干警的公务员身份转录工作，标志着黑龙江省林区两级法院正式纳入国家司法编制，干警正式转为国家公务员身份。按照职能设置要求，黑龙江省林区两级法院审理法律规定由其管辖的森工林区所有刑事、民事、民商事、行政和破坏森林资源、野生动植物资源犯罪等一、二审及再审案件。

现省林区中院下辖7个人民法院，共有17个人民法庭。